办公室：负责中心综合文秘、督办、考核、人事、财务、资产、档案、保密、政务信息公开、党建及精神文明建设等工作。

智慧城市推进部：负责示范区智慧城市、城市信息融合统筹协调推进工作，负责农科城卡建设运营管理工作。

信息化推进部：负责推进示范区电子政务、电子商务、社会公共服务领域等信息化工作，协调信息化建设中的重大问题，协助推进重大信息化工程；推动重要信息资源的开发利用、共享；促进三网融合；负责中心信息化项目招投标和工程监理工作；承担示范区信息化领导小组办公室的日常工作。

信息安全协调部：负责电子政务机房管理、内外网管理；指导全区信息安全保障体系建设，承担信息安全应急协调工作;承担杨凌智慧城市建设领导小组办公室日常工作。

科技推广部：负责农业科技咨询、培训，三农呼叫中心（网络专家大院）的日常管理和专家服务库的建设。

信息服务部：负责杨凌农业科技服务网等网站的功能提升，农业科技成果、实用技术库建设、重大信息化项目的组织实施和信息服务业务的开展。

管委会网站：负责示范区管委会门户网站及所属新媒体平台建设管理、日常运维工作。